AI R&D 인력 채용·급여 관리: 조세특례제한법 개정안으로 최대 40% 세액공제 받는 전략

2025년 2월, AI, 양자컴퓨터, 미래형 운송수단(친환경 선박) 등을 국가전략기술로 추가 지정해, 연구개발 비용과 시설투자비용 일부를 세액공제 받게끔 하는 조세특례제한법 일부개정법률안이 국회에서 발의되었습니다. 이 법안이 통과될 시 최대 40%까지 소득세·법인세 공제 혜택을 받을 수 있는데요. AI 기업이 R&D 인력 채용과 기술 투자에 한층 더 집중할 수 있는 환경을 마련했다는 점에서 중요한 변화가 될 전망입니다. 이번 글에서는 […]

  

2025년 2월, AI, 양자컴퓨터, 미래형 운송수단(친환경 선박) 등을 국가전략기술로 추가 지정해, 연구개발 비용과 시설투자비용 일부를 세액공제 받게끔 하는 조세특례제한법 일부개정법률안이 국회에서 발의되었습니다. 이 법안이 통과될 시 최대 40%까지 소득세·법인세 공제 혜택을 받을 수 있는데요.

AI 기업이 R&D 인력 채용과 기술 투자에 한층 더 집중할 수 있는 환경을 마련했다는 점에서 중요한 변화가 될 전망입니다. 이번 글에서는 조세특례제한법 개정안의 핵심 내용, 채용 시 주의해야 할 사항, 그리고 세제 공제를 극대화하기 위한 급여·보상 관리 전략을 살펴보려고 합니다.

조세특례제한법 개정안 : AI기업 HR 담당자가 놓치지 말아야 할 포인트

AI 산업에서는 연구개발 투자가 기업의 경쟁력과 직결됩니다. 이번 조세특례제한법 개정안은 인건비 공제를 비롯한 다양한 혜택을 확대해, AI 기업이 기술·인력 확보에 더욱 집중할 수 있도록 돕고 있습니다.

하지만 공제 범위를 제대로 파악하지 못하거나, 증빙서류 준비가 미흡하면 오히려 세금 감사 등 예상치 못한 리스크에 직면할 수 있습니다. AI기업 HR 담당자가 조세특례제한법 개정안의 혜택을 최대한 활용하기 위해 놓치지 말아야 할 포인트는 다음과 같습니다.

조세특례제한법 개정한의 혜택을 활용하기 위해 놓치지 말아야 할 포인트가 있습니다.

1) 인건비 공제 범위를 명확히 파악하기

연구개발 전담 인력에 대한 기본급, 성과 상여금, 초과근무수당 등은 일반 R&D 세액공제를 통해 최대 25~40%까지(중소기업은 최대 50%) 공제 혜택을 받을 수 있습니다.

다만, 해당 인력이 다른 직무를 겸직하면 인건비 전액이 공제 대상에서 제외될 수도 있으므로, 급여 대장, 업무분장표 등을 통해 연구개발 전담 여부를 명확히 구분해 둬야 합니다. 이를 놓치면 세제 혜택을 온전히 누릴 수 없을 뿐 아니라, 세무 조사나 감사 단계에서 추가 확인을 요구받을 위험이 커집니다.

📌R&D 인력 채용 시 인건비 세액 공제 범위와 요건

1️⃣ 인건비 세액공제 범위

  • 적용 대상: 연구개발 활동을 전담하는 연구원의 기본급, 성과 상여금, 초과근무수당
  • 공제율: 일반 연구개발비의 경우, 직전 연도 발생액을 초과하는 부분에 대해 25~40% 세액공제 가능 (중소기업은 최대 50%)

2️⃣ 요건

  • 증빙 서류: 급여 대장, 업무 분장표 등을 통해 연구개발 전담 여부를 명확히 증명
  • 전담 요원: 해당 연구원이 다른 업무를 수행하지 않고 연구개발에만 전념해야 함

Tip: 일반 행정 업무나 다른 프로젝트를 겸직할 경우, 해당 인건비가 전액 공제 대상에서 제외될 수 있으니 연구 전담 인력을 사전에 분리·관리해야 합니다.

2) 증빙서류 및 감사 대응 체계 갖추기

연구개발비 공제를 원활히 받으려면, 세액공제 신청서와 같은 기본 서류부터, 연구개발 계획서, 직무기술서 등 인건비 공제를 증명할 세부 자료까지 체계적으로 관리해야 하는데요.

특히, 연구개발 프로젝트의 목표·진행 상황·결과를 일관성 있게 기록해 두면, 세무 조사나 외부 감사 시에 투명성을 입증해 리스크를 줄일 수 있습니다. 따라서 급여 담당자는 재무·회계팀과 협력해 연구원 등록 현황, 업무분장표 등을 항상 최신 상태로 유지하고, 연구개발 과정에서 발생하는 인건비와 성과를 투명하게 관리하는 것이 중요합니다.

필요한 증빙 서류주요 내용
1. 세액공제 신청서– 세액공제를 신청하기 위한 기본 서류
2. 연구 및 인력 개발비 명세서– 연구개발비와 인력 개발비를 구체적으로 구분해 명세
3. 연구개발 계획서– 연구개발 프로젝트의 목표, 범위, 일정 등을 명시
4. 연구개발 보고서– 프로젝트 진행 상황과 결과를 정리한 문서
5. 연구 노트(신성장·원천기술)– 연구 과정 및 실험 결과를 일지 형태로 기록
6. 직무기술서– 연구원의 역할, 책임, 필요 역량 등을 구체적으로 기술
7. 성과 평가 기록– 연구원의 성과 지표와 평가 결과를 문서화
8. 연구원 등록 현황– 한국산업기술진흥협회에 등록된 연구원 임을 증명
9. 업무분장표– 연구원이 어떤 과제를 수행하는지, 다른 직무와 겸직 여부는 없는지 명확히 구분

📌세액 공제·감사 대비 서류 준비 Tips

  • 연구개발 계획서 → 연구개발 보고서 → 성과 평가 기록이 서로 연계되도록 체계화하면, 세무 조사나 외부 감사 시 프로젝트 전 과정을 쉽게 증명할 수 있습니다.
  • 인건비 공제 대상자임을 분명히 하기 위해, 직무기술서업무분장표에서 연구개발 업무만 전담하는 사실을 강조하면 좋습니다.

AI R&D 인력 채용 시 주의해야 할 3가지 포인트

조세특례제한법 개정안으로 확대된 지원을 실질적인 성과로 이어지게 하려면, 적절한 AI 인재 채용, 투명한 보상 체계, 원활한 온보딩 프로세스가 필수적입니다.

1️⃣ 회사에 필요한 핵심 AI 역량 파악

AI 기술은 분야별로 필요한 역량이 다르므로, 회사 내부의 기술 스택과 비즈니스 목표를 먼저 정리해야 합니다. 예컨대, 머신러닝 모델 개발이 핵심이라면 딥러닝·알고리즘 설계 역량이 중요한 반면, 대규모 데이터를 효율적으로 관리·분석해야 한다면 MLOps나 데이터 엔지니어링 역량이 우선순위가 됩니다.

또, 도메인 지식(제조, 물류, 금융 등)이 필요한 경우라면 해당 분야 전문성을 가진 AI 인재를 발굴하거나, 내부 교육 프로그램을 통해 업무 이해도를 높이는 교육이 필요하죠. 따라서 우리 회사 R&D 인력을 채용할 때에는 엔지니어링 팀 리더와의 대화로, 연구를 잘 해내기 위해 필요한 역량을 사전에 잘 식별해내야 합니다.

2️⃣ 투명하고 정확한 보상 체계 구축

AI R&D 인력은 높은 전문성과 시장 가치를 지니므로, 공정하고 투명한 보상 체계가 필수적입니다. 연봉, 성과급, 스톡옵션 등 보상 방식을 명확히 정해두면 인재가 자신의 성과와 보상을 이해하고 회사와 함께 성장할 수 있기 때문인데요.

또한, 세액공제로 절감된 재원을 인재 육성이나 보상 강화에 재투자하는 것도 좋은 전략입니다. 예를 들어, 전문 교육, 연구 장비 지원, 해외 컨퍼런스 참석을 지원하는 방법이 있는데요. 이는 AI 기술 역량과 회사 브랜드 가치를 동시에 높여 우수 인재를 유치·유지하는 데 도움이 됩니다.

3️⃣ 채용 & 온보딩 프로세스의 최적화

AI R&D 인력은 기존 개발팀·운영팀과 긴밀히 협업해야 하므로, 명확한 역할 정의, 체계적인 온보딩 절차, 적극적인 멘토링이 필수적입니다. 입사 초기부터 기술 스택, 프로젝트 목표, 협업 도구 등에 대해 충분히 안내하고, 팀 간 커뮤니케이션 채널을 열어두면 조직 적응과 성과 창출이 훨씬 빨라집니다.

또한, 프로젝트별 성과 평가 지표나 성과급 제도가 온보딩 과정에서 투명하게 공유되면, 인재가 자신의 역할과 보상을 명확히 이해하고 장기적으로 회사에 기여할 동기를 얻게 됩니다.

메타페이를 통한 R&D 급여 보상 관리 전략

인력을 채용하고 온보딩을 마쳤다면, 연봉·인센티브 구조와 투명한 보상 과정을 어떻게 효율적으로 운영할지가 핵심 과제입니다. 이때 메타페이 같은 디지털 급여 관리 솔루션을 도입하면, R&D 세액공제 비용 분류부터 보안 강화, 급여 지급까지 한 번에 해결할 수 있습니다.

메타페이는 R&D 관련 업무의 효율화를 가능하게 합니다.

복잡한 연봉 구조 관리를 간소화

메타페이를 활용하면 개인별·프로젝트별 급여 산정을 자동화할 수 있어, AI R&D 인력의 복잡한 연봉 구조를 한눈에 파악하고 관리하기가 쉬워집니다. 기본급과 프로젝트 단위 성과급, 스톡옵션 등 다양한 보상 요소를 시스템에서 통합 관리하면, 실시간으로 인건비 추이와 공제 대상 비용을 확인할 수 있어 급여 담당자의 업무 부담이 줄어들죠.

또한, 인사 정보와 급여 정보가 실시간 연동되므로, 입사·퇴사·부서 이동 등의 변화가 있을 때도 인건비 항목이 정확히 반영되어 급여 지급 시점이나 액수에 오류가 발생하는 것을 최소화할 수 있습니다.

R&D 세액공제 비용 분류와 증빙 준비 간소화

메타페이를 통해 연구개발 비용을 손쉽게 분류할 수 있어, R&D 세액공제 증빙도 간편해집니다. 예를 들어, AI R&D 인력의 인건비와 일반 인력 인건비가 혼재될 경우, 솔루션 내에서 자동으로 구분할 수 있습니다. 세무 조사나 외부 감사 시에도 증빙 서류로 활용 가능하니, 증빙 준비가 쉬워집니다.

또한, 공제 대상 금액이 매달 혹은 프로젝트 단위로 업데이트 되는데요. 재무·회계팀이 언제든 최신 데이터를 기반으로 예산과 공제 혜택을 계산할 수 있다는 점도 장점입니다.

조세특례제한법 개정안이 통과되면 기업은 AI 분야의 R&D 투자에 주력할 수 있게 될텐데요. 따라서 AI 기업이 인재 확보와 기술 개발에 더욱 적극적으로 나설 수 있는 기회가 됩니다.

R&D 인력을 늘려 기술력을 강화할 수 있는 절호의 기회에, 메타페이를 도입해 보세요! 복잡한 연봉 구조와 공제 증빙을 효율적으로 처리할 수 있어, 인력 관리에 큰 도움이 됩니다.


R&D 인력 소득공제부터 급여관리까지 메타페이로 시작하기

스마트한 메타페이와 함께
급여관리 부담은 줄이면서 직원 만족은 올리고,
기업도 성장하는 경험을 해보세요!

도입 문의하기